醃漬專區內的廢水處理當年是引進德國的「蒸發結晶廢水處理設施」，因為操作、維修及油價飆漲等因素，二○○八年停用，廢水全暫存在八十座醃漬槽，十多年來累積約有三、四千公噸廢水。 為解決暫存的廢水，公所委請中興大學生物產業機電工程學系教授謝禮丞研究團隊協助研發「隧道式日照蒸發結晶設施」，經過兩年測試效果不錯，連酸菜渣也可處理，一百公斤乾燥後剩十五公斤，公所積極爭取補助款建置該設施，總經費需三千多萬元。
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許淵傑 發展酸菜鹽水處理機構之研究
雲林縣大埤鄉盛產酸菜，於酸菜專業區內集中管理酸菜之醃漬與處理醃漬時產生之酸菜鹽水，由於專業區內處理酸菜廢水之蒸發結晶設備為國外進口，採燃燒燃油方式來處理酸菜鹽水，其設備維護不易並隨著油價高漲而提高酸菜產品製作成本，因此規劃一套酸菜廢水處理流程，以太陽能為能源的方式來達到處理酸菜鹽水，並利用ANSYS有限元素進行結構分析。 本研究完成酸菜鹽水處理流程之規劃與設備之設計，從鹽水產出之輸送、暫存與鹽水處理，處理設備之能源以自然能源中的太陽熱能為主，與酸菜鹽水接觸之檯面材質選用不鏽鋼 316型，並對處理設備之結構進行分析。在循環設備方面，C型鋼型號選用除符合安全係數1.0且成本與其他型號相比較低，因此最後選定為100×50×20-mm厚度4.5mm之型號。於結晶設備之刮板部分，刮鹽時受結晶鹽作用力之影響不小，故每次刮鹽以分批方式進行來降低刮板所受之力，刮板最少刮鹽次數5次之受力，為符合軸機械之安全係數1.5以上；酸菜處理設備之推估，一套循環設備與一套結晶設備，配合處理水分之百分比為循環設備60%、結晶設備20%，其處理效率為每年4642噸之酸菜鹽水。本研究為處理酸菜醃漬時所產生之鹽水提供一種可行之解決方法。
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